Se trata de un edificio de planta rectangular con testero recto, cabecera de planta cuadrada cubierta con cúpula semiesférica sobre pechinas abierta al exterior mediante linterna, decorada con yeserías de motivos geométricos y la figura de San Millán. Al muro de la derecha abre la capilla de Nuestra Señora de Malanca mediante un arco de medio punto de perfil moldurado cerrado con unas cristaleras.Precedida de un pequeño presbiterio cubierto por bóveda de lunetos al que abren dos pequeñas capillas excavadas en el muro, la nave presenta dos tramos de planta cuadrada cubiertas por crucería estrellada que apean en pilastras adosadas al muro; a ambos lados del primer tramo abren dos capillas mediante arcos de medio punto. Ambas están cubiertas por bóveda de arista con decoración de yeserías.En el tramo de los pies se situó el acceso y elevado sobre un gran arco rebajado se dispuso el coro, abierto al exterior  mediante una ventana en arco de medio punto.Al exterior el edificio destaca por su sobriedad, presenta un acusado juego de volúmenes que dotan de cierto dinamismo al conjunto.Construido en piedra irregular con sillar bien escuadrado en las esquinas, los paramentos exteriores están determinados principalmente por la prestancia de los materiales y el hermetismo de los muros que dan un cierto carácter de fortaleza.